遗传因素：早期自然流产时，染色体异常的胚胎占50%～60%，多为染色体数目异常，其次为染色体结构异常。染色体异常的胚胎多数结局为流产，极少数可能继续发育成胎儿，但出生后也会发生某些功能异常或合并畸形。若已流产，妊娠产物有时仅为一空孕囊或已退化的胚胎。

环境因素：影响生殖功能的外界不良因素很多，可以直接或间接对胚胎或胎儿造成损害。过多接触某些有害的化学物质（如砷、铅、苯、甲醛、氯丁二烯、氧化乙烯等）和物理因素（如放射线、噪音及高温等），均可引起流产。

母体因素：

1.全身性疾病，妊娠期患急性病、细菌毒素或病毒、孕妇患严重贫血或心力衰竭、慢性肾炎或高血压等。

2.生殖器官疾病，孕妇因子宫畸形、盆腔肿瘤、宫颈内口松弛或宫颈重度裂伤等。

3.内分泌失调，甲状腺功能减退症、严重糖尿病、黄体功能不足等。

4.创伤、妊娠期行腹部手术或妊娠中期外伤，导致子宫收缩而引起流产。

胎盘内分泌功能不足：妊娠早期时，除卵巢的妊娠黄体分泌孕激素外，胎盘滋养细胞亦逐渐产生孕激素。妊娠8周后，胎盘逐渐成为产生孕激素的主要场所。除孕激素外，胎盘还合成其他激素如β-绒毛膜促性腺激素、胎盘生乳素及雌激素等。早孕时，上述激素值下降，妊娠难以继续而致流产。

免疫因素：妊娠犹如同种异体移植，胚胎与母体间存在复杂而特殊的免疫学关系，这种关系使胚胎不被排斥。若母儿双方免疫不适应，则可引起母体对胚胎的排斥而致流产。有关免疫因素主要有父方的组织相容性抗原、胎儿特异抗原、血型抗原、母体细胞免疫调节失调等。